«Брат» стал первым полнометражным фильмом, снятым Балабановым на независимой студии СТВ. За исключением нескольких эпизодов, весь фильм снят в Санкт-Петербурге. Чтобы показать провинциальный город и ввести персонажа Данилы Багрова в сюжет, съёмочная группа отправилась в Приозерск, расположенный в Ленинградской области. Эпизод с клипом группы «Наутилус Помпилиус» снят около старинной крепости Корела. В кадре также присутствует Центральная площадь Приозерска.