В Ладожское озеро впадают 35 рек. Крупнейшей рекой, которая впадает в него, является река Свирь, которая выносит в него воды из Онежского озера. Также в озеро поступает вода через реку Вуокса от озера Сайма, а через реку Волхов — от озера Ильмень.



В него также впадают реки Морье, Авлога, Бурная, Кокколаниоки, Соскуанйоки, Иййоки, Айрайоки, Тохмайоки, Янисйоки, Сюскуянйоки, Уксунйоки, Тулемайоки, Мийналанйоки, Видлица, Тулокса, Олонка, Обжанка, Воронежка, Сясь, Лава, Рябиновка, Назия и другие. Нева — единственная река, вытекающая из Ладожского озера.



Площадь водосборного бассейна — 258 600 км². Примерно 85 % (3820 мм) приходной части водного баланса даёт приток речных вод, 13 % (610 мм) — атмосферные осадки и 2 % (90 мм) — приток подземных вод. Около 92 % (4170 мм) расходной части баланса идёт на сток Невы, 8 % (350 мм) — на испарение с водной поверхности. Уровень воды в озере не постоянен. Его колебания хорошо заметны по более светлой полосе на поверхности уходящих в воду скал.



На Ладожском озере около 660 островов (площадью более 1 га) общей площадью 435 км². Из них около 500 сосредоточено в северной части озера, в так называемом шхерном районе, а также в составе Валаамского (ок. 50 островов, включая острова Байевые), Западного архипелагов и группы островов Мантсинсаари (ок. 40 островов). Самые крупные острова — Риеккалансари (55,3 км²), Мантсинсаари (39,4 км²), Кильпола (32,1 км²), Тулолансари (30,3 км²) и Валаам (27,8 км²).



Наиболее известны на Ладожском озере Валаамские острова — архипелаг из примерно 50 островов площадью порядка 36 км², благодаря расположению на главном острове архипелага Валаамского монастыря. Также известен остров Коневец, на котором также расположен монастырь.