Военные успехи были очевидны, но во внутренней политике дела Александра обстояли не столь безупречно. Его идея смешения азиатских и европейских народов не вызывала понимания среди воинов, и он скоро столкнулся с заговорами среди своих офицеров и непосредственного окружения.



Находясь в Дрангиане, в Фарахе, Александр получил известие о заговоре Филоты, сына Пармениона. Здесь он решился пойти на крайние меры, уничтожив Пармениона и его семью. Филота, командир элитарной конницы «друзей» — гетайров, был замешан в заговоре против жизни Александра, осужден армией и казнен. А Клеандр, заместитель Пармениона, получил тайный приказ убить своего командира. Эта жестокость навела много страха на всех противников политики Александра, но укрепила его положение среди сторонников.

Люди, близкие Александру, получили повышение. Конница гетайров была реорганизована и разбита на два отряда по четыре гиппархии в каждом. Одной частью командовал старый друг Александра Гефестион, другой — Клит Черный, младший брат кормилицы Александра, спасшего ему жизнь при Гранике. Впрочем, и возвышение Клита было недолгим: вскоре в пьяном скандале Александр убил его. Фактически, Александр часто выступал теперь в роли тирана — именно в той роли, в какой его видели историки более поздних столетий. Однако офицеры и рядовые воины армии Александра следовали за ним не из страха, а из преданности.

Бывший сатрап Дария Бесс пытался в Бактрии и других восточных провинциях поднять народное восстание. Перевалив через Гиндукуш по высокогорному перевалу, ведущему на север, Александр, несмотря на нехватку продовольствия, привел свою армию к Драпсаку (современный город Анда-раб). Обойденный с фланга, Бесс бежал за реку Оке (Oxus, ныне Амударья), а Александр, двигаясь теперь уже на запад, прибыл в Зариаспу (ныне Балх) в Афганистане.

Здесь он сместил прежних и назначил новых правителей провинций Бактрии и Ари-аны. Переправившись через Оке, он отправил своего полководца Птолемея вдогонку за Бессом, который тем временем был свергнут согдианином Спитаменом. В 329 г. до н.э. Бесса схватили и передали брату Дария Оксатру (Oxathres), по приказу которого Бессу отрубили нос и уши, а потом публично казнили в Экбатанах.

Из Мариканды (Maricanda, Самарканд) Александр прошел к городу Кирополю и реке Яксарт (Jaxartes, Сыр-Дарья), границе Персидской империи. Там он сломил сопротивление скифских кочевников, пользуясь превосходством в техническом оснащении своей армии, разбил их на северном берегу реки и прогнал вглубь страны, в пустыню, и основал город Александрию Эсхату («Дальнюю» — современный Худжанд, второй по величине город Таджикистана).

Тем временем Спитамен за его спиной поднял восстание во всей Согдиане, втянув в него и племена массагетов. Это был самый грозный враг, с которым когда-либо пришлось сталкиваться Александру. Гибкая партизанская тактика лидера бактриан, осуществлявшаяся с поддержкой скифских союзников с другого берега реки Яксарт, стоили македонцам много жизней. В этих стычках и засадах погибло больше воинов Александра, чем за все предыдущие сражения. Только осенью 328 г. до н.э. Александру удалось сокрушить Спитамена.

Позже в том же году он напал на Оксиарта и оставшихся бывших приближенных Дария, которые укрепились в горах Паратаксены (ныне Таджикистан). Легковооруженные воины-добровольцы захватили скалу, на которой стояла крепость Оксиарта. Скифы убили Спитамена и отправили его главу победителю с предложением мира. (По другой версии Спитамена убила его жена). Среди пленных, захваченных в Оксиарте, оказалась дочь Спитамена Роксана.

В Мариканде Александр женился на ней в знак примирения, и оставшиеся его противники либо перешли на его сторону, либо были уничтожены. Этот брак соответствовал геополитической цели Александра — созданию новой евразийской нации и сплава греко-азиатской культуры. Факт, что Александр ранее в Сузах женился на Статире, дочери Дария, не был препятствием в Согдиане: македонские цари вообще никогда открыто не декларировали единобрачие.

Годы борьбы Александра в северо-восточных провинциях Персидской империи подробно описаны историками с множеством деталей, однако в этих описаниях много рассогласований. Мы слышим о сражениях и предательствах, быстрых маршах и форсированиях рек, о захвате высот и штурме горных крепостей, о военных подвигах, при которых Александр был не единожды ранен. В это время более чем когда-либо до этих пор тяготы и потери, понесенные его армией, совершенно не соответствовали полезности достигнутых результатов.

Однако дипломатией и военной силой Александр наконец покорил непримиримое население. Он обеспечил целостность территории, разместив гарнизоны македонцев и греческих солдат. Только скифы к северу от Яксарта оставались постоянной угрозой. Когда-то они владели этими землями, которые у них отобрали персы, и была опасность, что скифы вновь начнут военные действия по отторжению северо-восточных провинций. Перед походом на юг через «Индийский Кавказ» (Гиндукуш) Александр оставил заставы из состарившихся и ослабевших от ран воинов-ветеранов, чтобы держать границу по Яксарту и город, который он там основал, — Александрию Эсхату (Alexandria-Eschate), что можно перевести как «Самая дальняя Александрия».

Теперь он «нацелился» на реку Инд. Планируя свою экспедицию в Индию, Александр расширил свои претензии уже за границы старой Персидской империи. В этот момент в армии появились симптомы, предвещавшие мятеж. Но Александр обратился к своим воинам с пламенной речью, успокоив их легендами о визите бога Диониса в Индию. И армия выступила за своим лидером в долину Инда без колебания.

Александр не сразу двинулся к Инду, он разделил свое войско. Гефестион и Пердикка с большей частью конницы, частью пехоты и обозом направились через Киберский перевал к Инду, чтобы навести переправу через Инд. Арриан, по аналогии с действиями римских саперов, предполагает, что речь шла о наведении Гефестионом понтонного моста. Сам же царь вместе с Кратером отправился вдоль реки Кунар, чтобы пройти горную область Баджа-ур и Сват, подавив по пути возможные очаги сопротивления. Оба войска должны были вновь соединиться у Инда.

Для Александра и его людей эта кампания оказалась очень трудной. Большая часть крепостей на их пути оказали македонцам ожесточенное сопротивление. В отместку они, взяв город, истребляли жителей. В Массаге были уничтожены 7000 индийских наемников с женами и детьми.

За Индом македонцев дружественно встретил правитель города Таксила (Taxila). Арриан в своей истории именует Таксилом и самого царя. В действительности имя этого раджи, вероятно, было Амфи (Amphi), а прозвище Таксил у Арриана он получил по имени своего главного города. Он подчинился Александру по собственному желанию. Очевидно, что он искал македонской помощи для разгрома своего восточного соседа, которого греки называли царем Пором (Porus или Poros). Отдыхая со своими воинами в Таксиле, Александр получил заверения о преданности многих индийских правителей. Но вскоре стало очевидным, что дружба с Таксилом означает непримиримую вражду с Пором. Готовясь к новой войне, Александр двинулся с войсками на восток по направлению к реке Гидасп (Hydaspes, современный Джелум в Пакистане), за которой Пор собирал свою армию.