3 ноября 1943 года, в ходе Киевской наступательной операции бригада Шутова перешла в наступление и смелым прорывом за одни сутки достигла пригородов Киева. На следующий день она уже сражалась на улицах города.

За умелое управление частями бригады при форсировании Днепра и в боях на плацдарме севернее Киева 10 января 1944 года С.Ф. Шутову было присвоено звание Героя Советского Союза.

В дальнейшем бригада под его командованием успешно действовала в Уманско-Ботошанской наступательной операции в марте-апреле 1944 года: одной из первых форсировала реку Прут и вышла на границу с Румынией. В ходе Ясско-Кишинёвской наступательной операции за 2 дня прошла с боями свыше 100 километров и 27 августа 1944 года прорвала оборонительный узел в районе «Фокшанских ворот». 30 августа 1944 года его танкистами был взят город Плоешти – центр важнейшего нефтепромышленного района Румынии.

13 сентября 1944 года за умелое командование бригадой в ходе Ясско-Кишинёвской операции гвардии полковнику С.Ф. Шутову вторично было присвоено звание Героя Советского Союза.

В сентябре 1944 года он был назначен на должность заместителя командира 9-го гвардейского механизированного корпуса. Но боевой путь на этом посту оказался недолгим – через несколько дней в бою при освобождении Венгрии Степан Фёдорович был тяжело ранен, в госпитале ему была ампутирована рука.

После войны С.Ф. Шутов вел активную общественную деятельность, работая заместителем министра социального обеспечения БССР. Дважды избирался в депутаты Верховного Совета СССР и БССР. Автор книги «Красные стрелы». Умер 17 апреля 1963 года. По завещанию похоронен в городе Киеве на Байковом кладбище.

На родине героя в городском поселке Глуск установлен бюст, также его именем названы улицы в Москве, Киеве, Бобруйске, Осиповичах, Глуске.